Cemaatin, Türk Silahlı Kuvvetleri’nde (TSK) darbe girişiminde bulanacak kadar yapılanması, bu duruma nasıl gelindiği sorusuna neden oldu. Askere yapılan saldırı Ankara Cumhuriyet Savcılığı’nın mahkemeye gönderdiği 660 sayfalık, ana cemaat iddianamesinde yer aldı. İddianameye göre, Fethullah Gülen ve cemaati, 1971 yılından itibaren TSK içerisinde örgütlenmeye çalıştı. Örgüt içerisinde faaliyet gösteren talebe imamları aracılığı ile örgüt evlerinde, okullarda ve yurtlarda askeri lise ve harp okullarına öğrenci hazırlayan cemaatin bu faaliyetleri 1984 yılından sonra yoğunluk kazandı. Cumhuriyet'in haberine göre iddianamede, “O dönemde TSK içerisine yerleştirilen bu öğrencilerin birçoğu şu anda kurmay albay veya general rütbesindedir” denildi.

İddianamede, cemaatin TSK’nin nasıl sızdığına ilişkin şu tespitler de yer aldı:

* Türk Silahlı Kuvvetleri içindeki FETÖ yapılanması endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Bu yapıyı kuranlardan tanık Kemalettin Özdemir, TSK’nin içinde en az yüzde 60 ile yüzde 80 FETÖ mensubu olduğunu anlatmıştır.

* TSK içinde kadrolaşmak için paralel yapının 1994 yılında harbiye giriş sınavı öncesi Türkçe sorularını çalıp ele geçirmiştir. Askeri liseler, askeri harp okulları ve harp akademilerinde gerçekleştirilen sınavlarda usulsüzlükler yapılmıştır. Sınav soruları Fethullahçı gruba sınav öncesi sızdırılmıştır. Bütün sınavlarda bu örgüt üyeleri önceden elde ettiği soruları çözerek başarı sağlamıştır.

* Fethullahçı Paralel Yapı Terör Örgütü, kadrolarını general ve amiral yapmak, TSK’nin üst yönetimini ele geçirmek için soruşturma ve davalar açtırmıştır. Bu örgütten olmayan albay, amiral ve general kadrosunu tasfiye etmiştir. Ergenekon, Balyoz, Askeri Casusluk ve benzeri davalar TSK içerisindeki diğer görüşteki askeri bürokrasinin tasfiyesi için açılmıştır. Gizlice örgütlenen FETÖ mensupları albay ve general kadrolarına terfi ettirilmiş ve bu yolla önleri açılmıştır.

* Askeri yargıda, adli ve idari yargı gibi önemli ölçüde Fethullahçı hâkimlerden oluşmaktadır. Bu nedenle de örgüte yönelik yapılan hiçbir soruşturmadan doğru dürüst netice elde edilememektedir.

* Bu defa TSK’yi kontrol ettiğini iddia eden FETÖ, askeri darbe ve iç savaş tehditlerinde bulunmaktadır.

* Jandarma Genel Komutanlığı’nda hatırı sayılır bir FETÖ yapılanması bulunmaktadır. Jandarma Genel Komutanlığı, ilgili birimlerinden 2016/29247 sayılı soruşturmada belge ve bilgi talep etmiş ve Jandarma’nın arşivinde bu yapılanma ile ilgili hiçbir bilgi ve belge olmadığı dolayısıyla haklarında soruşturma yürütülen kişilerle ilgili ellerinde delil olmadığını bildirmiştir.

* Harp okullarından en çok öğrenci 2007-2013 yılı aralığında atılmıştır. Bu tarih aralığı FETÖ’nün TSK’nin içerisine en fazla öğrenci yerleştirdiği dönem olmuştur.